El hecho de que no se pueda acceder a todos los contenidos que circulan en Internet, sino solo a las páginas web que selecciona Facebook, ubica al proyecto como una amenaza a la neutralidad de la red.
El proyecto «gratuito» de Facebook, Internet.org, que pretende conectar sectores que no tienen acceso a Internet, acumula una ola creciente de críticas que alegan que rompe la neutralidad de la web al hacer imposible la libre competencia.
Desde Facebook, presentan a Internet.org como una conexión gratuita para los ciudadanos sin o con pocos recursos de los países en desarrollo. Sin embargo, no todos están de acuerdo en la forma en que se está ejecutando la idea, por lo que algunos socios se han bajado del proyecto.
En países como Ghana, Colombia, India y Kenya, Internet.org ya está funcionando y lo que se ofrece no es un acceso genérico a Internet, sino exclusivamente a las páginas web y servicios que Facebook, la empresa de Mark Zuckerberg, seleccionó como interesantes. Esto consiste, y esto denuncian quienes no están de acuerdo, en un claro ataque a la neutralidad de la red.
A pesar de que Zuckerberg ha hecho declaraciones a favor de la neutralidad de la red, con respecto a su proyecto ha dicho lo siguiente a un usuario de Facebook que le ha preguntado su opinión: «Para aquellos que no están en Internet, el tener algo de conectividad y algo de capacidad de compartir es siempre mejor que no tener conectividad o no compartir», por lo que, en esos casos, no parece ser tan importante la neutralidad de la red para el CEO de la red social.
Algunos de los socios que se han dado de baja son: Times Internet, Cleartrip, NDTC y Newshunt.